O curso de Mestrado em Engenharia do Ambiente, enquadrado no âmbito do Protocolo de Bolonha, complementa a formação de licenciados em Engenharia do Ambiente (mas também de agrónomos, biólogos, planeadores, economistas, professores...) e visa preparar os formandos para a abordagem de problemas na área do ambiente, dando resposta à necessidade crescente de recursos humanos neste domínio.

O curso tem a duração de quatro semestres. O primeiro decorre nas instalações da Universidade dos Açores, na Ilha Terceira, podendo a parte restante do curso ser feita junto da residência dos estudantes desde que supervisionada pelos seus orientadores.